Kota Vatikan — Tanah Suci Katolik. Di tengah-tengah negeri itu, ada sebuah organisasi yang melakukan penyelidikan ketat pada “klaim mukjizat” dari seluruh dunia untuk memastikan kredibilitas mereka. Organisasi ini disebut sebagai “Seito no Za” (Majelis Orang Suci) dan para imam yang termasuk di sana disebut penyelidik mukjizat. Robert Nicholas, seorang ahli arsip dan cryptanalysis kuno bermitra dan berteman baik dengan Hiraga Josef Kou, seorang ilmuwan jenius. Bersama-sama, duo brilian menyelidiki “keajaiban” dan mengungkap insiden dan konspirasi yang tersembunyi di belakang mereka.