Macross Delta diatur pada tahun 2067, 8 tahun setelah peristiwa serial TV Macross terbaru, Macross Frontier. Ceritanya berfokus pada Walküre, tim berhala yang berbakat dan Delta Squadron, tim pilot Valkyrie yang berpengalaman ketika mereka bertarung melawan Sindrom Var, sebuah fenomena misterius yang memakan galaksi dan ada juga tim tempur Aerial Knights Valkyrie yang misterius. Kerajaan Angin.