Pengaturan anime adalah kota fiksi Jepang bernama Sugomori City. Suatu hari, Noriko Sonosaki memberi tahu teman sekelasnya Katsuhira Agata, “Kamu telah terpilih menjadi Kiznaiver.” Sistem Kizuna, yang memungkinkan Katsuhira berbagi luka-lukanya, menghubungkannya dengan teman sekelas yang kehidupan dan kepribadiannya benar-benar berbeda darinya. Sistem Kizuna adalah sistem yang tidak lengkap untuk implementasi perdamaian dunia yang menghubungkan orang melalui luka. Semua orang yang terhubung ke sistem ini disebut Kiznaivers. Ketika satu Kiznaiver terluka, sistem membagi dan mentransmisikan luka di antara Kiznaiver lainnya. Kota Sugomori dibangun di atas tanah reklamasi, tetapi seiring dengan berlalunya waktu, populasi kota ini menurun. Kisah diatur di kota ini di mana Katsuhira dan yang lainnya tinggal.