Ketika tragedi akan segera terjadi, Satoru Fujinuma menemukan dirinya dikirim kembali beberapa menit sebelum kecelakaan terjadi. Artis manga berusia 29 tahun yang terpisah itu telah memanfaatkan fenomena yang kuat namun misterius ini, yang ia sebut “Kebangkitan,” untuk menyelamatkan banyak nyawa.

Namun, ketika dia secara keliru dituduh membunuh seseorang yang dekat dengannya, Satoru dikirim kembali ke masa lalu sekali lagi, tetapi kali ini untuk 1988, 18 tahun di masa lalu. Segera, ia menyadari bahwa pembunuhan itu mungkin berhubungan dengan penculikan dan pembunuhan salah satu teman sekelasnya, Kayo Hinazuki yang soliter dan misterius, yang terjadi ketika dia masih kecil. Ini adalah kesempatannya untuk memperbaikinya.

Boku dake ga Inai Machi mengikuti Satoru dalam misinya untuk mengungkap apa yang benar-benar terjadi 18 tahun lalu dan mencegah kematian teman sekelasnya sekaligus melindungi orang-orang yang ia sayangi di masa kini.