Diclonius, sebuah homo sapien bermutasi yang dikatakan dipilih oleh Tuhan dan pada akhirnya akan menjadi kehancuran umat manusia, memiliki dua tanduk di kepala mereka, dan memiliki “indra keenam” yang memberinya kemampuan telekinetik. Karena kekuatan berbahaya ini, mereka telah ditangkap dan diisolasi di laboratorium oleh pemerintah. Lucy, seorang Diclonius muda dan psikotik, berhasil membebaskan diri dari batasan-batasannya dan secara brutal membunuh sebagian besar penjaga di laboratorium, hanya untuk ditembak di kepala saat dia melarikan diri. Dia bertahan dan berhasil melayang ke pantai, di mana dua remaja bernama Kouta dan Yuka menemukannya. Setelah kehilangan ingatannya, dia dinamai berdasarkan satu-satunya hal yang sekarang bisa dia katakan, “Nyuu,” dan keduanya mengizinkannya tinggal di rumah Kouta. Namun, tampaknya “Lucy” jahat belum mati …