Pada tahun 2039, pemanasan global telah menyebabkan permukaan laut naik dan sejumlah besar wilayah hilang. Seolah sebagai respons, sekelompok kapal perang misterius yang dibalut kabut, “Armada Mist,” muncul di setiap sudut samudera, dan mulai menyerang kapal manusia. Meskipun umat manusia mengerahkan semua kekuatan mereka, mereka benar-benar dikalahkan oleh kekuatan Mist yang luar biasa. Semua rute perdagangan manusia diblokade oleh Armada Mist, ekonomi politik mereka hancur, dan umat manusia terus dipukuli. Tujuh tahun kemudian, kapal selam Armada Mist I-401 muncul di hadapan kadet Gunzo Chihaya. Bentuk kehidupan manusia yang pilot sub, yang seharusnya menjadi musuh mereka, bukannya menawarkan jasanya kepada umat manusia.